Comprobar fuentes de variación
Ahora necesitas usar un análisis de componentes principales para comprobar las fuentes de variación en los datos. ¿Se agrupan las muestras por su genotipo (WT vs. Top2b nulo) y tratamiento (PBS vs. Dox)?
Este ejercicio forma parte del curso
Análisis de expresión diferencial con limma en R
Instrucciones del ejercicio
El objeto eset de tipo ExpressionSet con los datos de doxorrubicina se ha cargado en tu espacio de trabajo. El paquete limma ya está cargado.
Usa
plotMDSpara representar los componentes principales. Etiqueta las muestras por su genotipo.Vuelve a visualizar los componentes principales, etiquetando las muestras por su tratamiento.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Plot principal components labeled by genotype
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")