Crea un objeto ExpressionSet
Gestionar 3 conjuntos de datos distintos para un experimento es tedioso y propenso a errores, especialmente si necesitas aplicar algún filtrado. Combina los 3 conjuntos de datos del experimento de leucemia en un objeto unificado usando la clase de Bioconductor ExpressionSet.
Este ejercicio forma parte del curso
Análisis de expresión diferencial con limma en R
Instrucciones del ejercicio
La matriz de expresión (x), los datos de características (f) y los datos de fenotipo (p) ya están cargados en tu espacio de trabajo.
Crea un nuevo objeto ExpressionSet con la función
ExpressionSet.Pasa la matriz de expresión al argumento
assayData.Pasa el data frame de fenotipo al argumento
phenoData.Pasa el data frame de características al argumento
featureData.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Load package
library(Biobase)
# Create ExpressionSet object
eset <- ___(assayData = ___,
phenoData = AnnotatedDataFrame(___),
featureData = AnnotatedDataFrame(___))
# View the number of features (rows) and samples (columns)
dim(eset)