Histograma de valores p

Un buen gráfico de diagnóstico es el histograma de valores p. Una alta densidad de valores p bajos indica muchos genes diferencialmente expresados; en cambio, un histograma distribuido de forma uniforme indica que hay pocos. Crea un histograma de valores p para el estudio de leucemia.

Este ejercicio forma parte del curso

Análisis de expresión diferencial con limma en R

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Instrucciones del ejercicio

El objeto de modelo ajustado del estudio de leucemia del Capítulo 2, fit2, se ha cargado en tu espacio de trabajo. El paquete limma ya está cargado.

Usa topTable para obtener las estadísticas resumen de cada gen.
Para obtener resultados para cada gen, establece el argumento number como el número de filas de fit2.
Para desactivar la ordenación de los resultados por nivel de significación, establece el argumento sort.by en "none".
Usa hist para crear un histograma de valores p.

Ejercicio interactivo práctico

Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.

# Obtain the summary statistics for every gene
stats <- ___(fit2, number = ___, sort.by = ___)

# Plot a histogram of the p-values
___(stats[, ___])

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