Matriz de contrastes

Para evaluar el efecto de la doxorrubicina en los corazones de los ratones de tipo salvaje y en los Top2b nulos (y cualquier interacción entre tratamiento y genotipo), necesitas contrastar los coeficientes de la matriz de diseño.

Este ejercicio forma parte del curso

Análisis de expresión diferencial con limma en R

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Instrucciones del ejercicio

El objeto ExpressionSet eset con los datos de doxorrubicina y la matriz de diseño design ya están cargados en tu espacio de trabajo. El paquete limma ya está cargado.

Crea dox_wt para evaluar el efecto de la doxorrubicina en los ratones de tipo salvaje.
Crea dox_top2b para evaluar el efecto de la doxorrubicina en los ratones Top2b nulos.
Crea un término de interacción para evaluar las diferencias en la respuesta a la doxorrubicina entre los dos tipos de ratones (pista: contrasta dox_top2b y dox_wt).

Ejercicio interactivo práctico

Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(dox_wt = ___ - ___,
                    dox_top2b = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

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