Matriz de contrastes para 3 grupos
Para identificar los genes diferencialmente expresados entre cada uno de los 3 niveles de oxígeno, necesitas definir 3 contrastes por pares.
Este ejercicio forma parte del curso
Análisis de expresión diferencial con limma en R
Instrucciones del ejercicio
El objeto eset de tipo ExpressionSet con los datos de hipoxia y la matriz de diseño que acabas de crear (design) ya están cargados en tu espacio de trabajo.
- Usa
makeContrastspara definir los 3 contrastes por pares. Recuerda usar los nombres de las columnas de la matriz de diseño sin comillas.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Load package
library(limma)
# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
ox21vox01 = ___ - ___,
ox21vox05 = ___ - ___,
levels = design)
# View the contrasts matrix
cm