Prueba de expresión diferencial para 3 grupos
Ahora que ya has definido la matriz de diseño y la matriz de contrastes, puedes probar la expresión diferencial.
Este ejercicio forma parte del curso
Análisis de expresión diferencial con limma en R
Instrucciones del ejercicio
El objeto ExpressionSet eset con los datos de hipoxia, la matriz de diseño (design) y la matriz de contrastes (cm) ya están cargados en tu espacio de trabajo.
Ajusta los coeficientes del modelo con
lmFit.Ajusta los contrastes con
contrasts.fit.Calcula las estadísticas t con
eBayes.Resume los resultados con
decideTests.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)