Eliminar efectos de lote
En el ejercicio anterior, demostraste que el efecto de lote tenía un mayor impacto en la variación que el efecto del tratamiento. Afortunadamente, el estudio de células madre olfativas estaba perfectamente equilibrado, es decir, cada tratamiento se incluyó en los 4 lotes. Por tanto, puedes eliminar la variación introducida por el procesamiento por lotes para aumentar la relación señal-ruido.
Este ejercicio forma parte del curso
Análisis de expresión diferencial con limma en R
Instrucciones del ejercicio
El objeto ExpressionSet eset con los datos de células madre olfativas se ha cargado en tu espacio de trabajo.
- Usa
removeBatchEffectpara eliminar el efecto de los 4 lotes de los datos. - Usa
plotMDSpara representar los componentes principales. Etiqueta las muestras según el tratamiento que recibieron. - Vuelve a visualizar los componentes principales, etiquetando las muestras según su lote.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Load package
library(limma)
# Remove the batch effect
exprs(eset) <- ___(eset, batch = ___)
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___, gene.selection = ___)
# Plot principal components labeled by batch
___(eset, labels = ___, gene.selection = ___)