Categorías de ontología génica
En el ejercicio anterior, probaste el enriquecimiento de rutas biológicas. Ahora vas a comprobar el enriquecimiento en conjuntos de genes que se sabe que influyen en el mismo proceso biológico, conocidos como categorías de ontología génica (GO). ¿Qué categorías GO están sobrerrepresentadas en los genes diferencialmente expresados del estudio de leucemia?
Este ejercicio forma parte del curso
Análisis de expresión diferencial con limma en R
Instrucciones del ejercicio
El objeto de modelo ajustado del estudio de leucemia del Capítulo 2, fit2, ya se ha cargado en tu espacio de trabajo. El paquete limma ya está cargado.
Extrae los identificadores Entrez Gene del data frame
fit2$genes.Realiza la prueba de categorías GO enriquecidas con
goana. Configura la especie como"Hs"para Homo sapiens.Consulta las 20 categorías GO enriquecidas principales con
topGO. Establece el argumentoontologyen"BP"para devolver Biological Processes.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched GO categories
enrich_go <- ___(fit2[1:500, ], geneid = ___, species = ___)
# View the top 20 enriched GO Biological Processes
___(enrich_go, ontology = ___)