Visualizar los efectos de lote
En el experimento de células madre olfativas hubo 7 tratamientos con 4 réplicas cada uno, para un total de 28 muestras. Sin embargo, estas 28 muestras se procesaron en 4 lotes distintos. El efecto de los tratamientos es de interés biológico, pero el efecto de los lotes es ruido técnico. Usando reducción de dimensionalidad, determina cuál de estos dos efectos tuvo un mayor impacto en los datos de expresión génica.
Este ejercicio forma parte del curso
Análisis de expresión diferencial con limma en R
Instrucciones del ejercicio
El objeto eset de tipo ExpressionSet con los datos de células madre olfativas se ha cargado en tu espacio de trabajo.
Usa
plotMDSpara representar los componentes principales. Etiqueta las muestras según el tratamiento que recibieron y establecegene.selectiona"common".Vuelve a visualizar los componentes principales, etiquetando las muestras por su lote.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Load package
library(limma)
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")
# Plot principal components labeled by batch
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")