Diagrama de cajas de Top2b
Ahora, una comprobación rápida: crea un diagrama de cajas del nivel de expresión de Top2b para confirmar que los ratones nulos tienen niveles más bajos de expresión de Top2b.
Recuerda que hiciste un diagrama de cajas similar en el Ejercicio 4 del Capítulo 1.
Este ejercicio forma parte del curso
Análisis de expresión diferencial con limma en R
Instrucciones del ejercicio
El objeto ExpressionSet eset con los datos de doxorrubicina se ha cargado en tu espacio de trabajo.
Encuentra la fila que contiene los datos de Top2b buscando
"Top2b"en la columna"symbol"de las anotaciones (feature data).Crea un diagrama de cajas usando la sintaxis de fórmulas. El nivel de expresión debe ir a la izquierda de
~y la variable de genotipo a la derecha.Pasa la fila del data frame de anotaciones a
mainpara poner el título de la figura.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Find the row which contains Top2b expression data
top2b <- which(___(eset)[___] == "Top2b")
# Plot Top2b expression versus genotype
boxplot(___(eset)[top2b, ] ~ ___(eset)[___],
main = ___(eset)[top2b, ])