Gráfico volcán
Ahora vas a visualizar el grado de expresión diferencial para cada contraste con un gráfico volcán, que muestra en el eje y el logaritmo de las odds de expresión diferencial y en el eje x el cambio de pliegue en escala logarítmica.
Este ejercicio forma parte del curso
Análisis de expresión diferencial con limma en R
Instrucciones del ejercicio
El objeto del modelo ajustado fit2 ya está cargado en tu espacio de trabajo. El paquete limma ya está cargado.
Accede a los símbolos génicos (
symbol) del data framefit2$genes.Crea un gráfico volcán que destaque los 5 genes principales para cada uno de los 3 contrastes.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Extract the gene symbols
gene_symbols <- fit2$genes[___]
# Create a volcano plot for the contrast dox_wt
___(fit2, coef = ___, highlight = 5, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast dox_top2b
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast interaction
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = ___)