Enriquecimiento de rutas
Para entender mejor el efecto de los genes diferencialmente expresados en el estudio de doxorrubicina, vas a probar el enriquecimiento de rutas biológicas conocidas curadas en la base de datos KEGG. ¿Qué rutas de KEGG están sobrerrepresentadas en los genes diferencialmente expresados para los contrastes "dox_wt" e "interaction"?
Este ejercicio forma parte del curso
Análisis de expresión diferencial con limma en R
Instrucciones del ejercicio
El objeto de modelo ajustado fit2 se ha cargado en tu espacio de trabajo. El paquete limma ya está cargado.
Extrae los IDs de genes Entrez del data frame
fit2$genes.Prueba rutas KEGG enriquecidas con
keggapara el contraste"dox_wt". Establece la especie como"Mm"para Mus musculus.Consulta las 5 rutas KEGG más enriquecidas con
topKEGG.Repite el enriquecimiento de rutas para el contraste
"interaction".
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast dox_wt
enrich_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(enrich_dox_wt, number = 5)
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast interaction
enrich_interaction <- ___(fit2, coef = ___, geneid = ___, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(___, number = ___)