Vías KEGG
Para facilitar la interpretación de los resultados de expresión diferencial, una técnica habitual es comprobar el enriquecimiento en conjuntos de genes conocidos. La base de datos KEGG contiene conjuntos curados de genes que se sabe que interactúan en la misma vía biológica. ¿Qué vías KEGG están sobrerrepresentadas en los genes diferencialmente expresados del estudio de leucemia?
Este ejercicio forma parte del curso
Análisis de expresión diferencial con limma en R
Instrucciones del ejercicio
El objeto de modelo ajustado del estudio de leucemia del Capítulo 2, fit2, ya está cargado en tu espacio de trabajo. El paquete limma ya está cargado.
Extrae los identificadores de gen Entrez del data frame
fit2$genes.Prueba el enriquecimiento de vías KEGG con
kegga. Establece la especie como"Hs"para Homo sapiens.Consulta las 20 principales vías KEGG enriquecidas con
topKEGG.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- fit2$genes[___]
# Test for enriched KEGG Pathways
enrich_kegg <- ___(fit2, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 20 enriched KEGG pathways
___(enrich_kegg)