Crea un diagrama de cajas con un objeto ExpressionSet
Ahora que has combinado todos los datos experimentales en un único objeto ExpressionSet, es más cómodo hacer subconjuntos de características y muestras. En este ejercicio, volverás a crear un diagrama de cajas para visualizar un gen, pero esta vez también harás un subconjunto de las muestras que se incluyen en la gráfica.
Este ejercicio forma parte del curso
Análisis de expresión diferencial con limma en R
Instrucciones del ejercicio
El objeto ExpressionSet eset ya está cargado en tu espacio de trabajo.
Haz un subconjunto de
esetpara quedarte solo con las primeras 10 muestras (columnas).Crea un diagrama de cajas del gen 1000 (es decir, la fila 1000) en
eset_subusando las funciones de accesoexprs,pDatayfData.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Subset to only include the first 10 samples (columns)
eset_sub <- eset[___]
# Check the dimensions of the subset
dim(eset_sub)
# Create a boxplot of the 1000th gene in eset_sub
boxplot(___(eset_sub)[___, ] ~ ___(eset_sub)[, "Disease"],
main = ___(eset_sub)[___, "symbol"])