Matriz de diseño para factorial 2x2
En este experimento factorial 2x2 para investigar el efecto de la sequía en el crecimiento de los árboles, se cultivaron 2 tipos distintos de Populus con 2 cantidades de agua diferentes. Para tener un coeficiente del modelo por grupo, primero necesitas combinar las dos variables.
Este ejercicio forma parte del curso
Análisis de expresión diferencial con limma en R
Instrucciones del ejercicio
El objeto ExpressionSet eset con los datos de Populus se ha cargado en tu espacio de trabajo.
Combina las variables
type(el tipo de árbol) ywater(normal vs. sequía) en una única variable factor.Usa
model.matrixpara crear una matriz de diseño sin intercepto.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)