Especifica un modelo lineal para comparar 2 grupos
Para identificar los genes diferencialmente expresados en el experimento de leucemia, necesitas traducir el siguiente modelo lineal a R:
donde \(X_{1}\) es igual a 1 para cánceres progresivos y 0 para cánceres estables (nota: R elige automáticamente la condición de referencia por orden alfabético).
Este ejercicio forma parte del curso
Análisis de expresión diferencial con limma en R
Instrucciones del ejercicio
El objeto eset de tipo ExpressionSet con los datos de leucemia ya está cargado en tu espacio de trabajo.
- Usa
model.matrixpara construir una matriz de diseño con un término independiente (intercepto) y un coeficiente que indique el estado de la enfermedad.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Create design matrix for leukemia study
design <- ___(~___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)