Matriz de diseño para 3 grupos
En el experimento de hipoxia, las células madre se expusieron a 3 niveles de oxígeno: 1%, 5% y 21%. Para contrastar la función celular en estos 3 entornos, utiliza la parametrización por medias de grupo para definir un modelo lineal con un coeficiente para cada nivel de oxígeno.
Este ejercicio forma parte del curso
Análisis de expresión diferencial con limma en R
Instrucciones del ejercicio
El objeto ExpressionSet eset con los datos de hipoxia se ha cargado en tu espacio de trabajo.
- Usa
model.matrixpara crear una matriz de diseño sin intercepto. Recuerda que la variable de interés de este estudio (3 niveles de oxígeno) está en la columnaoxygendel data frame de fenotipos.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)