Prueba de expresión diferencial con medias de grupo
Ahora que has especificado la matriz de diseño y la matriz de contrastes, puedes probar la expresión diferencial.
Este ejercicio forma parte del curso
Análisis de expresión diferencial con limma en R
Instrucciones del ejercicio
El objeto ExpressionSet eset con los datos de leucemia, la matriz de diseño (design) y la matriz de contrastes (cm) ya se han cargado en tu espacio de trabajo.
Ajusta los coeficientes del modelo con
lmFit.Ajusta los contrastes con
contrasts.fit.Calcula las estadísticas t con
eBayes.Resume los resultados con
decideTests. No necesitas hacer un subconjunto defit2como hiciste con la parametrización por contrastes de tratamiento porque no hay término de intercepto en el modelo de medias de grupo.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)