Matriz de contrastes para medias de grupo

Como estás usando la parametrización por medias de grupo, ahora hay un paso extra en el flujo de trabajo de limma. Los coeficientes ahora representan el nivel medio de expresión para cada uno de los dos grupos de muestras, así que necesitas especificar un contraste personalizado para probar si hay diferencias entre las leucemias progresivas y estables.

Este ejercicio forma parte del curso

Análisis de expresión diferencial con limma en R

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Instrucciones del ejercicio

El objeto eset de tipo ExpressionSet con los datos de leucemia y la matriz de diseño que acabas de crear (design) se han cargado en tu espacio de trabajo.

Usa makeContrasts para definir el contraste status, que es la diferencia en el nivel medio de expresión entre los cánceres progresivos y estables.
Pasa la matriz de diseño design al argumento levels. Esto permite que los nombres de columna de design (que corresponden a los coeficientes) se usen en las definiciones de los contrastes.

Ejercicio interactivo práctico

Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- ___(status = ___ - ___,
                    levels = ___)

# View the contrasts matrix
cm

Editar y ejecutar código