Matriz de contrastes para factorial 2x2

En un diseño factorial 2x2 hay muchos contrastes posibles. Debes evaluar las diferencias en el tipo de árbol en cada una de las condiciones de agua, las diferencias en la respuesta a la sequía para cada tipo de árbol y las diferencias en la respuesta a la sequía entre los dos tipos de árbol (lo que tradicionalmente se denomina efecto de interacción).

Este ejercicio forma parte del curso

Análisis de expresión diferencial con limma en R

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Instrucciones del ejercicio

El objeto eset de tipo ExpressionSet con los datos de Populus y la matriz de diseño que acabas de crear (design) se han cargado en tu espacio de trabajo.

Crea type_drought para probar el efecto del tipo de árbol (NM6 frente a DN34) en la condición de sequía.
Crea water_dn34 para probar el efecto de la sequía en los árboles DN34.
Crea un término de interacción para evaluar las diferencias en la respuesta a la sequía entre los dos tipos de árbol (pista: contrasta water_nm6 y water_dn34).

Ejercicio interactivo práctico

Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(type_normal = nm6.normal - dn34.normal,
                    type_drought = ___ - ___,
                    water_nm6 = nm6.drought - nm6.normal,
                    water_dn34 = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

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