Prueba de expresión diferencial

Ahora que has definido una matriz de diseño y una matriz de contrastes, puedes probar la expresión diferencial debida al tratamiento con doxorrubicina en los dos tipos de ratón.

Este ejercicio forma parte del curso

Análisis de expresión diferencial con limma en R

Ver curso

Instrucciones del ejercicio

El objeto ExpressionSet eset con los datos de doxorrubicina, la matriz de diseño design y la matriz de contrastes cm ya están cargados en tu espacio de trabajo. El paquete limma ya está cargado.

Ajusta los coeficientes del modelo con lmFit.
Ajusta los contrastes con contrasts.fit.
Calcula las t-estadísticas con eBayes.
Resume los resultados con decideTests y vennDiagram.

Ejercicio interactivo práctico

Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

# Create a Venn diagram
___(results)

Editar y ejecutar código