Matriz de diseño
El experimento con doxorrubicina es un diseño factorial 2x2, así que tendrás que crear una variable combinada para usarla en la parametrización por medias de grupo.
Este ejercicio forma parte del curso
Análisis de expresión diferencial con limma en R
Instrucciones del ejercicio
El objeto ExpressionSet eset con los datos de doxorrubicina se ha cargado en tu espacio de trabajo.
Combina las variables
genotype(WT vs. Top2b null) ytreatment(PBS vs. Dox) en un único factor.Usa
model.matrixpara crear una matriz de diseño sin intercepto.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)