Histograma de valores p

Después de realizar la prueba, confirma que el modelo está bien especificado inspeccionando la distribución de valores p para cada contraste. Recuerda que se espera una distribución uniforme de valores p para un contraste con pocos genes diferencialmente expresados, y una distribución sesgada a la derecha para un contraste con muchos genes diferencialmente expresados.

Este ejercicio forma parte del curso

Análisis de expresión diferencial con limma en R

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Instrucciones del ejercicio

El objeto de modelo ajustado fit2 se ha cargado en tu espacio de trabajo. El paquete limma ya está cargado.

Usa topTable para obtener las estadísticas resumidas de cada gen para el contraste "dox_wt". Establece el número de genes a devolver igual al número de filas de fit2.
Repite lo mismo para los contrastes "dox_top2b" e "interaction".
Usa hist para crear un histograma de valores p para cada uno de los tres contrastes.

Ejercicio interactivo práctico

Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.

# Obtain the summary statistics for the contrast dox_wt
stats_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, number = ___,
                         sort.by = "none")
# Obtain the summary statistics for the contrast dox_top2b
stats_dox_top2b <- ___(fit2, coef = ___, number = ___,
                            sort.by = "none")
# Obtain the summary statistics for the contrast interaction
stats_interaction <- ___(fit2, coef = ___, number = ___,
                              sort.by = "none")

# Create histograms of the p-values for each contrast
___(stats_dox_wt[___])
___(stats_dox_top2b[___])
___(stats_interaction[___])

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