Genen die het verschil maken
ChIP-seq-pieken identificeren is mooi, maar het vertelt je nog niet veel over wat er in een cel gebeurt.
In deze oefening krijg je een voorproefje van hoe je genoomannotaties kunt gebruiken om ChIP-seq-resultaten te duiden. Er zijn twee
sets met genen voor je in de R-sessie geladen. De eerste, ar_sets, bevat een lijst met alle genen die geassocieerd zijn
met pieken in de primaire en behandeling-resistente tumoren. De tweede, db_sets, is een subset van de eerste die
alleen genen bevat die geassocieerd zijn met pieken die bewijs tonen van differentiële binding tussen de twee condities.
Je gebruikt de functie upset() uit het pakket UpSetR om de overlap tussen de gensets voor de
primaire en behandeling-resistente tumormonsters te visualiseren.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
ChIP-seq met Bioconductor in R
Oefeninstructies
- Bekijk de volledige gensets die zijn opgeslagen in het object
ar_sets. - Visualiseer de overlap tussen de twee groepen met de functie
upset(). - Bekijk de genen met differentiële binding.
- Visualiseer de overlap van differentieel gebonden pieken tussen de twee groepen met de functie
upset().
Interactieve oefening met praktijkervaring
Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.
# Take a look at the full gene sets
print(___)
# Visualise the overlap between the two groups using the `upset` function
upset(fromList(___))
# Print the genes with differential binding
___(db_sets)
# Visualise the overlap of differentially bound peaks between the two groups using the `upset` function
___(fromList(___))