Het model opzetten

Voordat je de daadwerkelijke vergelijking tussen groepen kunt uitvoeren, moet je DiffBind vertellen hoe de samples over de groepen zijn verdeeld. De makkelijkste manier is om een van de vooraf gedefinieerde categorieën te gebruiken die DiffBind aan de samples koppelt. Dit zijn veelgebruikte groeperingen van interesse, zoals de conditie of het weefsel dat aan elk sample is gekoppeld. Je kunt aangeven welke je wilt gebruiken via het argument categories, met constants zoals DBA_CONDITION en DBA_TISSUE. De helppagina van dba.contrast() bevat een volledige lijst van de beschikbare constants.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

ChIP-seq met Bioconductor in R

Bekijk cursus

Oefeninstructies

Bekijk het object ar_binding.
Identificeer de categorie die overeenkomt met de Primary Tumor (primary)- en Treatment Resistant (TURP)-conditie.
Stel het contrast in om de twee tumortypen te vergelijken.
Bekijk het object dba_peaks om te bevestigen dat het contrast is toegevoegd.

Interactieve oefening met praktijkervaring

Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.

# Examine the ar_binding object
print(___)

# Identify the category corresponding to the tumor type contrast
contrast <- DBA____

# Establish the contrast to compare the two tumor types
dba_peaks <- dba.___(ar_binding, ___=contrast, minMembers=2)

# Examine the dba_peaks object to confirm that the contrast has been added
___(___)

Code bewerken en uitvoeren