Pieken consolideren
Voordat je gaat bekijken hoe je piekoproepen kunt annoteren, is het handig om te zien hoe je een samengevoegde piekset krijgt die oproepen van alle samples bevat. Het pakket ChIPpeakAnno biedt hiervoor de functie findOverlapsOfPeaks(). Daarmee kun je pieksets, weergegeven als GenomicRanges, van maximaal vijf samples samenvoegen.
Voordat je deze functie kunt gebruiken, moet je de informatie over de piekoproepen ophalen uit het ChIPQCexperiment-object dat je eerder hebt gemaakt. Je kunt de pieklocaties opvragen met de functie peaks(). Let op: deze geeft piekoproepen voor alle samples terug. Daar vallen ook de samples onder die de QC niet hebben gehaald. Een vector met de indexen van de samples die we tijdens de QC-stap hebben geselecteerd voor verdere analyse is beschikbaar als qc_pass.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
ChIP-seq met Bioconductor in R
Oefeninstructies
- Extraheer de pieken uit het ChIPQCexperiment-object.
- Verwijder alle samples die de QC niet hebben gehaald.
- Zoek overlaps tussen pieksets met de functie
findOverlapsOfPeaks(). - Bekijk de samengevoegde piekset die beschikbaar is als het item
mergedPeaks.
Interactieve oefening met praktijkervaring
Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.
# Extract peaks from ChIPQCexperiment object
peak_calls <- ___(ar_calls)
# Only keep samples that passed QC
peak_passed <- ___[qc_pass]
# Find overlaps between peak sets
peaks_combined <- ___(peak_passed[[1]], peak_passed[[2]], peak_passed[[3]], peak_passed[[4]], maxgap=50)
# Examine merged peak set
print(___)