Verschillen in eiwitbinding samenvatten
De laatste plot van de differentieel gebonden pieken die je in deze les bekijkt, is een boxplot. Dit type plot is handig om de verdeling van piekintensiteiten per sample samen te vatten. DiffBind biedt hiervoor de functie dba.plotBox(). Boxplots laten de ligging van de mediaan in verschillende groepen zien en hoe de data eromheen verspreid is. De plot die DiffBind maakt, vergelijkt de twee groepen (primaire en behandelingsresistente tumor) én subgroepen die bestaan uit de differentieel gebonden pieken. Naast de plot zelf geeft dba.plotBox() ook p-waarden terug voor de paargewijze vergelijkingen tussen deze groepen.
Zoals eerder zijn de resultaten van de analyse van differentiële binding beschikbaar als ar_diff.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
ChIP-seq met Bioconductor in R
Oefeninstructies
- Maak een boxplot van de piekintensiteiten.
- Bekijk de teruggegeven p-waarden. Welke pieksets verschillen significant van elkaar?
Interactieve oefening met praktijkervaring
Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.
# Create a box plot of the peak intensities
compare_groups <- ___(ar_diff, notch=FALSE)
# Inspect the returned p-values
print(___)