Pieken vs achtergrond
Nu is het tijd om de dekkingsverdeling van pieken, geblacklistte regio's en achtergrond te vergelijken. In deze oefening bekijk je gegevens van chromosoom 5.
De gebinde read counts voor pieken, blacklisted regio's en achtergrond voor dit chromosoom zijn respectievelijk beschikbaar als peak_bins, bl_bins en bkg_bins. De kolom score bevat de read counts.
Het kan even duren om alle benodigde gegevens en R‑pakketten voor deze oefening te laden. Heb alsjeblieft even geduld.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
ChIP-seq met Bioconductor in R
Oefeninstructies
- Bereid read counts voor op het plotten door ze in dataframes te organiseren.
- Combineer de drie dataframes met
rbind(). - Maak een boxplot van de read counts per bintype.
Interactieve oefening met praktijkervaring
Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.
# Prepare read counts for plotting by organising them in data frames
peak_scores <- data.frame(source="peaks", fragments=___$score)
bl_scores <- data.frame(source="blacklist", fragments=___)
bkg_scores <- data.frame(source="background", fragments=___)
scores <- rbind(___, ___, ___)
# Create a boxplot of the read counts by bin type
ggplot(___, aes(y=fragments, x=source)) + geom_boxplot()