BAM-bestanden lezen

Je gaat beginnen met het inlezen van gemapte reads uit een BAM-bestand in R. Deze bestanden slaan informatie op over de uitlijning tussen read-sequenties en het referentiegenoom in een gecomprimeerd binair formaat. Gegevens laden uit BAM-bestanden is een veelvoorkomende stap bij het analyseren van genomische data.

In deze oefening laad je eerst alle reads uit een BAM-bestand. Dat is eenvoudig, maar kan veel geheugen vergen. In het tweede deel leer je daarom hoe je alleen de reads uit een specifieke regio van interesse laadt.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

ChIP-seq met Bioconductor in R

Bekijk cursus

Oefeninstructies

Laad reads uit het bestand chr20_bam met de functie readGAlignments().
Maak een BamViews-object voor chr20_bam dat de regio 29805000 - 29820000 op chromosoom 20 omvat.
Gebruik readGAlignments() opnieuw om alleen de reads in die view te laden.
Inspecteer het object reads_sub met str().

Interactieve oefening met praktijkervaring

Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.

# Load reads form chr20_bam file
reads <- ___(chr20_bam)

# Create a `BamViews` object for the range 29805000 - 29820000 on chromosome 20
bam_views <- ___(___, bamRanges=GRanges("chr20", IRanges(start=29805000, end=29820000)))

# Load only the reads in that view
reads_sub <- ___(___)

# Inspect the `reads_sub` object
___(reads_sub)

Code bewerken en uitvoeren