Verschillen in eiwitbinding visualiseren
Zowel de PCA-plot als de dendrogram laten zien dat de monsters van primaire tumoren en therapieresistente tumoren elk één cluster vormen. Dat is bemoedigend, maar het zegt je nog weinig over hoe die verschillen eruitzien. In deze oefening maak je een heatmap waarin je piekintensiteit tussen monsters vergelijkt. Dit kan patronen in eiwitbinding zichtbaar maken die groepen monsters van elkaar onderscheiden.
De verzameling pieken, samengebracht over alle monsters, is beschikbaar als peaks. Om hiervan een heatmap te maken, moet je weten
hoeveel pieken er in de gegevensset zitten. Details van de samengevoegde piekverzameling zijn te vinden in het merged-element van peaks.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
ChIP-seq met Bioconductor in R
Oefeninstructies
- Print het
peaks-object. - Haal de coördinaten van de samengevoegde pieken op.
- Haal het aantal pieken op dat in de data aanwezig is.
- Maak een heatmap met de functie
dba.plotHeatmap.
Interactieve oefening met praktijkervaring
Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.
# Print the `peaks` object
print(___)
# Obtain the coordinates of the merged peaks
merged_peaks <- peaks$___
# Extract the number of peaks present in the data
peak_count <- nrow(___)
# Create a heatmap using the `dba.plotHeatmap()` function
___(peaks, maxSites = ___, correlations = FALSE)