Gemeenschappelijke thema's vinden
Het pakket chipenrich biedt de functie chipenrich() om groepen genen te identificeren die vaker geassocieerd zijn met ChIP-seq-pieken dan je op basis van toeval zou verwachten. Daarvoor is het belangrijk om te bepalen hoe je genen groepeert. In deze oefening kijk je naar de Hallmark-genensets die zijn gedefinieerd bij het Broad Institute.
Meestal wil je de analyse beperken tot differentieel gebonden pieken, zodat de moleculaire processen die de twee groepen monsters onderscheiden beter naar voren komen. Door de kleine steekproefgrootte van de gegevens waarmee je werkt, kijk je hier simpelweg naar pieken met een sterker signaal in de behandelingsresistente tumormonsters.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
ChIP-seq met Bioconductor in R
Oefeninstructies
- Selecteer alle pieken met een hogere intensiteit in de behandelingsresistente monsters dan in de primaire tumormonsters.
- Voer de verrijkingsanalyse uit.
- Print de resultaten van de analyse.
Interactieve oefening met praktijkervaring
Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.
# Select all peaks with higher intensity in treatment resistant samples
turp_peaks <- peaks_binding[, "GSM1598218"] + peaks_binding[, "GSM1598219"] < ___[, "GSM1598223"] + ___[, "GSM1598225"]
# Run enrichment analysis
enrich_turp <- ___(peaks_comb[turp_peaks, ], genome="hg19",
genesets = "hallmark", out_name = NULL,
locusdef = "nearest_tss", qc_plots=FALSE)
# Print the results of the analysis
___(enrich_turp$results)