Pieken annoteren
In de vorige oefeningen heb je een tabel gemaakt met samengevoegde piek-calls van alle samples (hier beschikbaar als peaks_merged) en een tabel met genannotaties (hier beschikbaar als human_genes). Nu is het tijd om de informatie uit beide tabellen te combineren met de functie annoPeaks() uit het pakket ChIPpeakAnno. Voor elke piek die dicht genoeg bij de startplaats van een gen ligt (zoals bepaald door het argument bindingRegion), geeft deze functie gedetailleerde informatie over het betreffende gen terug in een data frame. Daarin staat onder meer een kolom insideFeature, die aangeeft waar de piek ligt ten opzichte van het gen.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
ChIP-seq met Bioconductor in R
Oefeninstructies
- Annoteer pieken met het dichtstbijzijnde gen.
- Bepaal het aantal pieken dat met genen is geannoteerd.
- Maak een samenvattingstabel die aangeeft waar pieken lagen ten opzichte van genen.
Interactieve oefening met praktijkervaring
Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.
# Annotate peaks with closest gene
peak_anno <- ___(peaks_merged, human_genes, bindingType="startSite", bindingRegion=c(-5000,5000))
# How many peaks were found close to genes?
length(___)
# Where are peaks located relative to genes?
table(peak_anno$___)