BED-bestanden lezen
In deze oefening laad je peak-calls uit een BED-bestand en gebruik je de informatie over pieklocaties om reads te extraheren die overlappen met de pieken uit een BAM-bestand.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
ChIP-seq met Bioconductor in R
Oefeninstructies
- Gebruik de functie
import.bedom peak-calls te laden uit chr20_peaks. - Gebruik deze peak-calls om een
BamViews-object te maken voor chr20_bam. - Laad de reads die overlappen met de peak-calls.
Interactieve oefening met praktijkervaring
Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.
# Load peak calls from chr20_peaks
peaks <- ___(chr20_peaks)
# Create a BamViews object
bam_views <- ___(___, bamRanges=peaks)
# Load the reads
reads <- ___(___)