Samples clusteren
Een andere manier om naar overeenkomsten tussen samples te kijken is via hiërarchische clustering. Dit proces bestaat uit twee stappen. Eerst bereken je de afstand tussen samples op basis van de (genormaliseerde dekking) van pieken met de functie dist(). Daarna kun je deze paarsewijse afstanden gebruiken om vergelijkbare samples te groeperen met hclust(). Dit levert een dendrogram op dat de hiërarchische relatie tussen samples weergeeft.
Een matrix met geschikt genormaliseerde dekking is beschikbaar als R-object cover.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
ChIP-seq met Bioconductor in R
Oefeninstructies
- Bereken de paarsewijse afstanden tussen samples met
dist(). - Gebruik
hclust()om een dendrogram te maken van de afstandsmatrix. - Plot het dendrogram.
Interactieve oefening met praktijkervaring
Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.
# Compute the pairwise distances between samples using `dist`
cover_dist <- ___(t(cover))
# Use `hclust()` to create a dendrogram from the distance matrix
cover_dendro <- ___(cover_dist)
# Plot the dendrogram
plot(___)