Het model fitten
Je bent nu klaar om de differentiële bindingsanalyse uit te voeren. Dit laat zien welke pieken significant verschillen in intensiteit tussen de twee tumortypen. Weten welke pieken tussen groepen verschillen vormt de basis voor vervolganalyses die proberen te achterhalen welke onderliggende mechanismen deze verschillen aansturen. Laten we nu kijken naar het vinden van de differentieel gebonden pieken. Met de functie dba.analyze() uit DiffBind kun je dit doen. In de vorige oefening heb je het contrast voor de vergelijking tussen tumortypen ingesteld. Met het object met dit contrast kun je eenvoudig dba.analyze() aanroepen om de rest van het werk te doen.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
ChIP-seq met Bioconductor in R
Oefeninstructies
- Bekijk het
ar_binding-object om te bevestigen dat het het vereiste contrast bevat. - Voer de differentiële bindingsanalyse uit.
- Bekijk het resultaat.
Interactieve oefening met praktijkervaring
Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.
# Examine the `ar_binding` object to confirm that it contains the required contrast
print(___)
# Run the differential binding analysis
ar_diff <- ___(ar_binding)
# Examine the result
print(___)