Coverage berekenen
Nu ga je reads verlengen tot de gemiddelde fragmentlengte om een betere coverage-schatting te krijgen. Door reads te verlengen kun je reads van beide uiteinden van een fragment samenvoegen tot één coveragepiek, wat helpt om pieken te onderscheiden van achtergrondruis.
Het BAM-bestand voor sample GSM1598218 dat je in deze oefening gebruikt, is al voor je geladen. De gemiddelde fragmentlengte voor deze sample is 183 bp. De reads zijn beschikbaar als een GRanges-object met de naam reads_gr.
Het kan even duren om alle benodigde data en R-pakketten voor deze oefening te laden. Even geduld alsjeblieft.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
ChIP-seq met Bioconductor in R
Oefeninstructies
- Verleng reads tot de gemiddelde fragmentlengte.
- Bereken de fragmentcoverage.
Interactieve oefening met praktijkervaring
Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.
# Extend reads to the average fragment length of 183 bp
reads_ext <- ___(reads_gr, width=___)
# Compute coverage
cover <- ___(___)