Annotaties gebruiken

In deze oefening gebruik je gen-coördinaten uit het pakket TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene. Dit pakket bevat de coördinaten van alle bekende menselijke genen. Er is een GRanges-object met coördinaten en een unieke ID voor genen op chromosoom 20 voor je ingeladen als human_genes.

Hoewel deze ID's handig zijn om genen te identificeren, zijn ze lastig te interpreteren. Het kan nuttig zijn om ook de beter leesbare gensymbolen toe te voegen. Dat kan met hulp van het pakket org.Hs.eg.db, dat koppelingen biedt tussen verschillende sets van genidentificaties. Met de functie select() kun je voor elke ID een gensymbool ophalen, opgeslagen in de kolom SYMBOL. Zodra je deze informatie hebt opgehaald, kun je die toevoegen aan de tabel met genlocaties.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

ChIP-seq met Bioconductor in R

Bekijk cursus

Oefeninstructies

Haal gensymbolen op uit de kolom SYMBOL van org.Hs.eg.db.
Bekijk de structuur van de teruggegeven annotaties.
Voeg gensymbolen toe aan human_genes.
Bekijk het resultaat.

Interactieve oefening met praktijkervaring

Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.

# Obtain gene symbols
gene_symbol <- ___(org.Hs.eg.db, keys=human_genes$gene_id, columns="SYMBOL", keytype="ENTREZID")

# Examine the structure of the returned annotations
str(___)

# Add gene symbols to gene coordinates
human_genes$symbol <- ___

# Examine output
print(human_genes)

Code bewerken en uitvoeren