Welke pieken verschillen?

Laten we kijken hoe verschillend de samples zijn wat betreft peak-calls. Kijkend naar de samengevoegde pieken waar je eerder mee hebt gewerkt: hoeveel pieken worden gedeeld tussen verschillende samples?

Een plot die deze vraag kan beantwoorden is een Venn-diagram. Die kun je rechtstreeks maken vanuit het DBA-object met de functie dba.plotVenn(). Een alternatief is een UpSet-plot, die je kunt maken met het UpSetR-pakket. Dit vervangt de ellipsen van een Venn-diagram door een reeks staafdiagrammen die de grootte van verschillende deelverzamelingen aangeven. De functie upset() verwacht een data frame met één kolom per set, dus per sample, die voor elke piek aangeeft of die tot de set behoort. De benodigde data staat in het veld called van het ar_diff-object.