Een nadere blik op pathways
In deze oefening bouw je een URL die linkt naar een pathway die is gevonden met de verrijkingsanalyse en de genen met ChIP-seq-pieken markeert. Zo krijg je een overzicht van hoe de genen, of beter gezegd de eiwitten die ze coderen, met elkaar en met andere eiwitten interacteren. Met wat ervaring kun je zo al snel mogelijke mechanismen afleiden die de verschillen tussen de groepen in het onderzoek zouden kunnen verklaren.
Het algemene formaat van deze URL's is: https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>
Je stelt de URL samen die nodig is om de top-pathway uit de verrijkingsanalyse te tonen, waarbij de genen die aan pieken zijn gekoppeld worden gemarkeerd. De objecten top_path en genes die je eerder hebt gemaakt, zijn beschikbaar voor je in de werkruimte.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
ChIP-seq met Bioconductor in R
Oefeninstructies
- Voeg de pathway-ID toe aan de URL.
- Vouw de ID's voor genen in de pathway die aan pieken waren gekoppeld samen tot één string, gescheiden door
'+'. - Voeg de string met de genenselectie toe aan de URL.
Interactieve oefening met praktijkervaring
Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.
# This is the base URL for all KEGG pathways
base_url <- "https://www.kegg.jp/pathway/"
# Add pathway ID to URL
path_url <- paste0(base_url, ___)
# Collapse gene IDs into selection string
gene_select <- paste(___, collapse="+")
# Add gene IDs to URL
path_url <- paste(___, ___, sep="+")