Peak-calls

Reads liggen verspreid over het hele genoom, maar locaties die gebonden zijn door het eiwit van interesse trekken veel overlappende reads aan, wat leidt tot pieken in de dekking. Deze pieken worden meestal vastgelegd met hun genomische coördinaten en een score die de sterkte van het waargenomen signaal voor deze piek aangeeft.

Een set peak-calls is alvast in R voor je geladen. De peak-calls zijn opgeslagen in een GenomicRanges-object met de naam peaks. Naast de gebruikelijke functies om de inhoud van GenomicRanges-objecten te benaderen, zijn er twee handige functies beschikbaar voor peak-calls. Je kunt de functie chrom gebruiken om het chromosoom te verkrijgen waarop een piek ligt en de functie score om de bijbehorende score op te vragen.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

ChIP-seq met Bioconductor in R

Bekijk cursus

Oefeninstructies

Print een samenvatting van peaks.
Gebruik de functie score() om de index van de hoogst scorende piek te vinden.
Haal de genomische coördinaten op van de hoogst scorende piek met de functies chrom() en ranges().

Interactieve oefening met praktijkervaring

Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.

# Print a summary of the 'peaks' object
print(___)

# Use the score function to find the index of the highest scoring peak
max_idx <- which.max(___(peaks))

# Extract the genomic coordinates of the highest scoring peak using the `chrom` and `ranges` functions
max_peak_chrom <- ___(peaks)[___]
max_peak_range <- ___

Code bewerken en uitvoeren