Aan de slagBegin gratis

Vergelijk gefilterde data met ruwe reads

Laten we eens beter kijken wat het filteren van reads uitmaakt. Hier staat een plot met drie verschillende coverage-tracks. Van boven naar beneden laten ze de totale coverage zien, de coverage van alignments van hoge kwaliteit, en de coverage van alignments van lage kwaliteit.

Bestudeer de plot hierboven. Welke van de volgende uitspraken beschrijven de weergegeven coverage-data correct?

  1. De meeste read-alignments waren van hoge kwaliteit.
  2. De meest uitgesproken pieken zijn het gevolg van alignments van lage kwaliteit.
  3. Er zijn pieken in het profiel met coverage van hoge kwaliteit.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

ChIP-seq met Bioconductor in R

Bekijk cursus

Interactieve oefening met praktijkervaring

Zet theorie om in actie met een van onze interactieve oefeningen

Begin oefening