Разбиение генома дрожжей на части
Геномы зачастую очень велики, однако исследователей, как правило, интересуют лишь их отдельные участки. Поэтому нам нужно уметь выделять нужные фрагменты генома. Чтобы выбрать интервал последовательности, используйте функцию getSeq() и укажите имя хромосомы, а также начало и конец нужного интервала.
Приведённый ниже пример извлекает основания хромосомы "chrI" с позиции 100 по 150.
getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)
Примечание: параметр names является необязательным — если он не задан, функция вернёт все хромосомы. Параметры start и end также необязательны: по умолчанию они принимают значения 1 и длину последовательности соответственно.
Это упражнение является частью курса
Введение в Bioconductor на R
Инструкции к упражнению
- С помощью
getSeq()получите первые 30 оснований хромосомы M ("chrM") из объектаyeastGenome.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Load the yeast genome
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
# Assign data to the yeastGenome object
yeastGenome <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3
# Get the first 30 bases of chrM
___