Фильтрация ридов на лету!
Что если из всех ридов в файле вас интересует лишь часть из них? Для этого можно воспользоваться фильтром!
Предположим, вас интересуют только те риды, которые начинаются с паттерна "ATGCA". Небольшая функция фильтрации справится с этой задачей — с помощью функции srFilter():
myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")
Эта функция, уже подготовленная для вас, принимает объект, производный от ShortRead, и возвращает риды, начинающиеся с паттерна "ATGCA". Давайте применим её на практике!
Это упражнение является частью курса
Введение в Bioconductor на R
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Load package ShortRead
library(ShortRead)
# Check class of fqsample
___
# Filter reads into selectedReads using myStartFilter
selectedReads <- fqsample[___(___)]
# Check class of selectedReads
___