НачатьНачать бесплатно

Поиск паттерна

Давайте найдём вхождения паттерна в наборе zikaVirus с помощью vmatchPattern(). Затем выполним тот же поиск с помощью matchPattern() для одиночной последовательности zikv.

# For Sets
vmatchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG", 
              subject = zikaVirus, max.mismatch = 1)

# For single sequences
matchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG", 
              subject = zikv, max.mismatch = 1)

Обе функции должны найти одинаковое количество вхождений, однако формат вывода будет отличаться. Сколько совпадений возвращает каждый из поисков?

Это упражнение является частью курса

Введение в Bioconductor на R

Посмотреть курс

Практическое интерактивное упражнение

Превратите теорию в практику с помощью одного из наших интерактивных упражнений

Начать упражнение