Ещё немного фильтрации!
Отлично! Теперь, когда вы немного попрактиковались с фильтрацией ридов, давайте воспользуемся функцией polynFilter(). Эта функция отбирает риды, содержащие меньше заданного количества повторяющихся нуклеотидов подряд. Например, polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) выберет все риды, в которых встречается менее 20 аденинов подряд. Параметр nuc — это символьный вектор, содержащий символы IUPAC для нуклеотидов или значение "other" для всех символов, не являющихся нуклеотидами.
Объект fqsample доступен в вашем рабочем пространстве.
Это упражнение является частью курса
Введение в Bioconductor на R
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Check reads of fqsample
___
# Create myFil using polynFilter
myFil <- ___
# Check myFil
myFil