Хромосома X генома человека
Теперь ваша очередь — используйте пакет TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene и извлеките из него информацию. Как и в видео, выделите все гены хромосомы X с помощью функции genes(), передав аргументу filter условие отбора tx_chrom = "chrX". Затем исследуйте полученное подмножество генов.
Помните, что filter принимает объект list() с условиями фильтрации для выбора конкретных геномных интервалов.
Если хотите протестировать другие фильтры, допустимые имена для этого списка: "gene_id", "tx_id", "tx_name", "tx_chrom", "tx_strand", "exon_id", "exon_name", "exon_chrom", "exon_strand", "cds_id", "cds_name", "cds_chrom", "cds_strand" и "exon_rank".
Это упражнение является частью курса
Введение в Bioconductor на R
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Load human reference genome hg38
library(___)
# Assign hg38 to hg, then print it
___
hg