Изучение файла fastq

Файлы fastq обычно содержат тысячи или миллионы ридов и могут занимать очень много места! В этом упражнении вы будете работать с небольшой подвыборкой fastq из 500 ридов, которая легко помещается в память и полностью считывается с помощью функции readFastq().

Исходный файл последовательностей относится к Arabidopsis thaliana и предоставлен Геномным центром Калифорнийского университета в Дейвисе. Номер доступа — SRR1971253; файл загружен из архива чтений последовательностей (SRA). Он содержит ДНК из листовых тканей, объединённую в пул и секвенированную на платформе Illumina HiSeq 2000. Все последовательности — одноконцевые риды длиной 50 пар оснований (п.о.).

fqsample — это объект класса ShortReadQ, содержащий информацию о ридах, показателях качества и идентификаторах. Теперь ваша очередь его исследовать!