НачатьНачать бесплатно

Удаление дубликатов

Хорошей практикой является проверка последовательностей на наличие большого числа дубликатов.

# Sample with duplicates of class: ShortReadQ
dfqsample

# Get the reads from dfqsample
mydReads <- sread(dfqsample)

# Counting duplicates
table(srduplicated(mydReads))

Как удалить дублированные риды из файла? Обратите внимание на то, каким должно быть условие в этом фильтре.

Это упражнение является частью курса

Введение в Bioconductor на R

Посмотреть курс

Практическое интерактивное упражнение

Превратите теорию в практику с помощью одного из наших интерактивных упражнений

Начать упражнение