Удаление дубликатов
Хорошей практикой является проверка последовательностей на наличие большого числа дубликатов.
# Sample with duplicates of class: ShortReadQ
dfqsample
# Get the reads from dfqsample
mydReads <- sread(dfqsample)
# Counting duplicates
table(srduplicated(mydReads))
Как удалить дублированные риды из файла? Обратите внимание на то, каким должно быть условие в этом фильтре.
Это упражнение является частью курса
Введение в Bioconductor на R
Практическое интерактивное упражнение
Превратите теорию в практику с помощью одного из наших интерактивных упражнений
Начать упражнение