Извлечение выборки из файла fastq
Теперь ваша очередь — извлеките небольшую выборку из последовательности, содержащей множество ридов.
Вы будете работать с тем же файлом, что и в предыдущем упражнении. Файл содержит 500 ридов длиной по 50 пар нуклеотидов. Путь к файлу хранится в объекте f.
С помощью FastqSampler(con = file_path, n = length), set.seed() и yield() вы сможете извлечь 100 ридов из вашего файла последовательностей.
Это упражнение является частью курса
Введение в Bioconductor на R
Инструкции к упражнению
- Загрузите
ShortRead. - Используйте
set.seed()со значением1234. - Используйте
FastqSampler(), передав путь к небольшому файлу fastq из объектаf, и укажите 100 ридов для выборки. - Используйте
yield(), чтобы сгенерировать подпоследовательность.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Load ShortRead
library(ShortRead)
# Set a seed for sampling
___
# Use FastqSampler with f and select 100 reads
fs <- ___(con = ___, ___ = ___)
# Generate new sample yield
my_sample <- ___
# Print my_sample
___