НачатьНачать бесплатно

Сколько транскриптов?

Помните, как в видео мы определяли длину экзонов в одном из транскриптов интересующего нас гена? Теперь ваша очередь — выясните, сколько транскриптов есть у гена ABCD1. Для этого воспользуйтесь функцией:

transcriptsBy(x, by = "gene")

Получив все транскрипты по генам, вы сможете выбрать нужный ген по его идентификатору. Идентификатор гена ABCD1 — 215. Небольшой совет: чтобы выбрать информацию по конкретному гену, заключите его идентификатор в обратные кавычки, например transcripts$`215`.

Это упражнение является частью курса

Введение в Bioconductor на R

Посмотреть курс

Инструкции к упражнению

  • Загрузите базу данных транскриптов человека в переменную hg.
  • Предварительно отфильтруйте хромосому X с помощью seqlevels().
  • Получите все транскрипты из hg по параметру "gene", сохраните результаты в hg_chrXt и выведите их на экран.
  • Выберите ген `215` из hg_chrXt с помощью оператора $.

Интерактивное практическое упражнение

Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.

# Load the human transcripts DB to hg
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
hg <- ___

# Prefilter chromosome X "chrX" using seqlevels()
___(___) <- c(___)

# Get all transcripts by gene and print it
hg_chrXt <- transcriptsBy(___, by = ___)
hg_chrXt

# Select gene `215` from the hg_chrXt
___$___
Редактировать и запускать код